本联赛采用"分区小组赛+淘汰赛"赛制。全国分为东、南、西、北四大赛区，各赛区先进行小组循环赛，每组前两名晋级。随后进行跨赛区淘汰赛，最终决出全国总冠军。赛季一般从每年9月开始，小组赛持续至次年1月，淘汰赛和总决赛在次年3-4月举行。

学校体育部门或足球社团负责人可通过官方网站在线提交报名申请，填写学校信息、球队信息、球员名单等资料。报名需提交学校盖章的参赛确认函、球员学生证复印件、体检报告等材料。报名截止后组委会将进行资格审核，审核通过后发放参赛证。报名费为每队3000元，用于赛事组织和场地保障。

本联赛基本遵循国际足联最新竞赛规则，但有以下特殊规定：每场比赛90分钟（上下半场各45分钟），中场休息15分钟；每队每场可换5人；采用VAR视频助理裁判技术；红牌停赛1场，累计两张黄牌停赛1场；小组赛平局各得1分，淘汰赛平局进行加时赛和点球大战。

本联赛设有：团体奖——冠军、亚军、季军奖杯及奖金（冠军50万元、亚军30万元、季军15万元）；个人奖——最佳射手（金靴奖）、最佳球员（金球奖）、最佳守门员（金手套奖）、最佳新秀奖；特别奖——公平竞赛奖、最佳赛区组织奖。所有获奖球员均可获得国家级体育竞赛证书。

所有比赛场地均为符合中国足协标准的天然草或人工草皮球场，配备专业照明和电子计分系统。每场比赛配备专业医疗团队和救护车，球员须购买赛事专项运动保险。组委会为所有参赛人员提供免费意外伤害保险，保额不低于50万元。赛区设有安保团队和应急预案。

本联赛与多家视频平台合作，所有淘汰赛和总决赛均提供免费高清直播。小组赛精选场次也会进行网络直播。用户可通过官方APP、微信小程序或合作平台观看。所有比赛结束后24小时内上传精彩集锦和全场回放，供球迷随时观看。同时设有专业解说团队进行实时评论。